Ojciec Maksymilian przyjął nowe warunki z heroicznym poddaniem się woli Bożej. Otworzył bramy klasztoru dla uciekinierów, rannych, chorych, głodnych,
chrześcijan i Żydów. Oświadcza: "Jesteśmy gotowi oddać życie za nasze ideały". Niemcy zdawali sobie sprawę z ogromu siły duchowej płynącej z Niepokalanowa.
Nic zatem dziwnego, że już we wrześniu o. Maksymilian został wywieziony z braćmi do obozów na tereny Niemiec. Został zwolniony z obozu w Ostrzeszowie w
uroczystość Niepokalanego Poczęcia. We wszystkim widział miłosierną dobroć Niepokalanej. Po powrocie napisał list ogólny do braci przebywających poza
klasztorem. 17 lutego 1941 r. został aresztowany przez gestapo i przewieziony na Pawiak, a 28 maja do Auschwitz. Z obozu napisał swój ostatni list
do swej matki. Wielu zapamiętało go jako człowieka pełnego wiary, wewnętrznego pokoju. Więżniowie mówili o nim, że umacniał ich dusze i sprawiał,
że mieli więcej ufności w Bogu i osłabiał ich lęk przed śmiercią. Pod koniec lipca 1941 r. z obozu uciekł jeden z więźniów. W odwet za tę ucieczkę
Niemcy wybrali dziesięciu ludzi na śmierć głodową. Jednym z wybranych na śmierć był Franciszek Gajowniczek, który rozpaczał, że zostawi żonę i dzieci.
Wtedy z szeregu wyszedł o. Maksymilian i zgłosił się na śmierć za niego. Ostatnie dni w bunkrze głodowym były największym świadectwem miłości -
W bunkrze znajdował się o. Kolbe do naga rozebrany i czekał na śmierć głodową. Warunki były okropne, Ojciec Kolbe zaś nigdy nie narzekał. Głośno
się modlił tak, że i jego współtowarzysze mogli go słyszeć i razem z nim się modlić. Maksymilian Kolbe zmarł 14 sierpnia 1941 r. dobity zastrzykiem
fenolu. Jego ciało zostało spalone w krematorium następnego dnia.